Video clip của "What a Girls Wants" được đạo diễn bởi Diane Martel, người từng thực hiện video đậm chất tuổi teen "Genie in a Bottle" cho Aguilera. Video rất thành công khi đem về cho Aguilera đến năm đề cử tại lễ trao giải MTV Video Music Awards năm 2000 ở các hạng mục Nghệ sĩ mới xuất sắc nhất, Video xuất sắc nhất của ca sĩ nữ, Video pop xuất sắc nhất, Video có vũ đạo đẹp nhất và Video được khán giả bình chọn nhiều nhất.

Khung cảnh trong video diễn ra chủ yếu tại một phòng sinh hoạt câu lạc bộ vào giờ nghỉ giải lao. Aguilera xuất hiện trong video vẫn chủ yếu trong trang phục quần rộng và áo ôm - loại trang phục phổ biến của các ca sĩ teen pop thời bấy giờ. Video bắt đầu với một căn phòng sinh hoạt đầy nam sinh rồi Aguilera xuất hiện và cùng với các nữ sinh khác bước vào phòng. Aguilera tiến đến bên bạn trai của mình bảo anh ta nhắm mắt lại để tạo sự bất ngờ cho màn trình diễn của cô và các bạn. Sau khi chuẩn bị xong, Aguilera bắt đầu hát và nhảy cùng các bạn. Trong video còn có cảnh Aguilera ngồi trên thùng bass hát và cảnh hóa thân thành một nàng công chúa với mái tóc xoăn dài ở đoạn bridge rất dễ thương. Video kết thúc với cảnh Aguilera và bạn trai ôm nhau hạnh phúc sau màn trình diễn tuyệt vời.